QTL解析 iwatawiki

R

QTL 解析

2017.11.17
岩田洋佳



R



定例

QTL 解析

用い

行う方法





利用



多環境試験

遺伝子型



解析

行う



ウン



http://www.genenetwork.org/genotypes/SXM.geno
表現型



http://wheat.pw.usda.gov/ggpages/SxM/phenotypes.html
表現型

様々

ウン

ここ

yield

収量

ウン

利用
定 こ

品種 Steptoe×Morex


doubled haploid


全体

t/ha



定 利用

R

定 QTL 解析

qtl

R



系統



218



収量

DH

交配







150

倍加半数

7

染色体

遺伝子型
16 環境

収量

計測さ






GS 予測







定 入力

qtl

kernlab



簡単

ウン

R







用い
可能



準備

ウン



形式

作成


遺伝子型入力


ウン



定 削除

定 入力

作成
Excel



定 28 行目


手順








情報

開く

削除

選択

転置

表計算ソ

表計算ソ





貼付け


3行



1

<染色体番号

<染色体


Locus







id





定 作業





必要

R



入力



実行




行う解析









系統 各行


遺伝子型

形式





入力

形質 環
系統 id

一致

作成

作業


置い

各列

必要



必要



表現型


yield.csv

実行


geno.csv



系統 id

yield.dat

ここ



qtl





空白

ここ

準備



用い



一括変換

入力



く必要

除く

先頭行

変更

R

作成




定 以

NA



cM



2 行目

そこ

CSV 形式

形式




Chr

1〜150



対応

必要

変更

表現型入力





SM###

定 系統





変更
付け

出力さ

表現型入力

# read phenotype data
data
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